Египетский музей вырос из "Египетского отдела" собрания короля Фридриха Вильгельма III, созданного в 1828 г. Первым руководителем этого отдела, размещавшегося первоначально во дворце Монбижу, был Джузеппе Пассалаква, купец из Триеста, чья коллекция археологических находок легла в основу отдела. В период с 1842 по 1845 год эта коллекция пополнялась экспонатами, привезёнными из экспедиции Карла Рихарда Лепсиуса.

В 1850 г. музей получил собственное новое здание, построенное на Музейном острове по проекту Фридриха Августа Штюлера. В 1920 г. Джеймс Саймон подарил музею бюст египетской царицы Нефертити, самый известный экспонат коллекции. Саймон финансировал раскопки, которые в египетской Амарне вёл Людвиг Борхардт. Он же доставлял находки в Германию.